1.遗传因素：
牙颌畸形的发生是由多个基因共同控制的，属于多基因遗传，可以由父母遗传给子女，也可能在几代之间隔代遗传。遗传的同时也存在变异，表现在子女的牙颌畸形和父母之间有时完全一样，有时还会有所变化。
研究表明，父母中有一人牙齿畸形，宝宝遗传到的基因概率是1/3。
2.先天性因素
先天性因素指胎儿所在的母体环境因素。母亲在怀孕期间患病，胎儿在子宫中位置异常，临产时对胎儿的外伤可能引起畸形。
3.环境因素：
包括了胎儿所在的母体环境因素以及出生后的发育生长环境因素。婴儿出生后一些全身性的系统疾病、鼻咽部疾患、替牙障碍及口腔不良习惯，如不正确的吃奶方式、异常吞咽习惯、吮指吐舌、口呼吸、咬上下唇、咬物、偏侧咀嚼习惯等等会干扰患者牙、颌、面的正常发育。还有像临床上比较常见的舌系带发育不正常。
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